Leki oraz inne farmaceutyki wytwarza się w pomieszczeniach czystych. Kontrolowane są w nich parametry, takie jak wilgotność powietrza, temperatura oraz zawartość zanieczyszczeń. Zanieczyszczenia to nie tylko pyły, ale też bakterie, wirusy, zarodniki i strzępki grzybów. Leki muszą być produkowane w specjalnych warunkach, aby zapewnić bezpieczeństwo ich stosowania.
Specjalne pomieszczenia czyste wymagania są dość rygorystyczne. Istnieją cztery kategorie, do których zalicza się clean roomy. Klasa A to pomieszczenia o największym rygorze sanitarnym. Kolejne klasy mają nieco mniejsze normy. W celu zapewnienia braku zanieczyszczeń powietrza stosuje się klimatyzację ze specjalnymi filtrami. Pomieszczenia mogą być odkażane przy użyciu lamp. W przemyśle farmaceutycznym nie ma miejsca na żadne zanieczyszczenia, które mogłyby wpłynąć negatywnie na jakość produktu. Może stanowić to zagrożenie dla zdrowia pacjentów lub wpłynąć negatywnie na trwałość leku. Parametry mogą być kontrolowane przy użyciu komputerów, badane są wskaźniki oceniające ilość niepożądanych cząsteczek w powietrzu. Równie ważne są stoły i sprzęty, które także muszą być nieskazitelnie czyste.
